Przeprowadzenie II Zjazdu zaplanowano na 28 marca 2004 roku. Na Zjazd pzybyło 15 członków Towarzystwa, ale w związku z brakiem kworum Zjazd się nie odbył. Zgodnie ze Statutem Zjazd drugiego zwołania odbył się niezależnie od liczby obecnych członków PTNŻ 24 kwietnia 2004 roku. Na Zjeździe obecnych było 13 osób.

Przewodniczącym na Zjeździe została wybrana Natalia Sejko, sekretarzem – Irena Perszko. Za podaniem kierowników sekcji i Zarządu 17 osób zostało skreślonych z listy członków Towarzystwa: Aleksy Brzezicki, Irena Diaczenko, Julia Wolska, Inna Zagórska, Anna Osmołowska, Irena Kostiuk, Julia Kościuszko, Ałła Biłous, Irena Kandyba-Czudowska, Igor Sierych, Łarysa Wachnina, Józef Cal-Całko, Anna Buczyńska, Tetiana Jurczenko, Włodzimierz Jerszow, Wanda Czajkowska, Oksana Ostapczuk. Te osoby straciły kontakty z Towarzystwem, nie brały udziału w realizacji jego projektów, nie podawały sprawozdań rocznych.

W ciągu trzech lat działalności swoje kandydatury na członkostwo w Towarzystwie podało 17 osób. Zarząd wnioskował o przyjęcie do pocztu członków 7 osób. W wyniku głosowania tajnego II Zjazd do pocztu członków Towarzystwa przyjął doc. dr Irenę Kopot, Mikołaja Trocenka, doc. dr Innę Płotnicką, doc. dr Iwana Jarmoszyka, Eugeniusza Timiriajewa, prof. Jana Paradysza, Andrzeja Bajora. Dziś PTNŻ ma 44 członków, z nich 4 zagranicznych. Podjęto decyzję o wydaniu legitymacji członkowskich członkom Towarzystwa.

Na drugi termin na prezesa PTNŻ został wybrany doktor humanistyki Sergiusz Rudnicki. Zjazd zatwierdził nowy skład Zarządu, do którego weszli doc. dr Irena Sypczenko, doc. dr Natalia Sejko, doc. dr Oleg Gierus, mgr Olga Biłobrowiec, dr Sergiusz Rudnicki, doc. dr Aleksander Muzyka i mgr Irena Perszko. Wybrano także Komisję Rewizyjną, członkami której zostali Aleksander Burawski, Natalia Trawkina i doc. dr Stanisław Pulter

Na Zjeździe wniesiono szereg zmian do Statutu Towarzystwa. Pierwsza część zmian byla związana z koniecznością przerejestrowania Towarzystwa jako organizacji niedochodowej. Statut, który został uchwalony na Zjeździe założycielskim, mieścił zapisy, które uniemożliwiały włączenie PTNŻ do rejestru organizacji niedochodowych, co nie pozwolało uzyskiwać jakąkolwiek pomoc sponsorską. Szereg zmian był związany ze zmianami w działalności Towarzystwa. Naukowe sekcje zostały zlikwidowane (dotąd one były strukturalnymi jednostkami Towarzystwa). To stało ważnym krokiem w przejściu do Towarzystwa projektowego. Stanowisko Sekretarza Towarzystwa zlikwidowano, w jego miejsce wprowadzono stanowiska pierwszego i drugiego zastępcy prezesa, których wybiera się spośród członków Zarządu i które wraz z prezesem PTNŻ składają tzw. „mały Zarząd” Towarzystwa.