Підготовка до З'їзду розпочалася на початку лютого 2000 року групою житомирських науковців. Це, зокрема, музикознавець к.п.н. Ірина Сипченко (зав. кафедри музики Житомирського педагогічного університету), історик освіти к.п.н. Наталія Сейко (викладач Житомирського педагогічного університету), лінгвіст, доктор гуманістики Польщі Сергій Рудницький, а також математик к. ф.-м. н. Олег Герус (зав. кафедри математичного аналізу Житомирського педагогічного університету), історик Ольга Білобровець (вчителька історії), викладач польської мови Ганна Осмоловська. Група в такому складі опрацювала концепцію Товариства, проект Статуту, визначила засади його діяльності, утворила комп'ютерну базу даних, яка стала підставою до висилки інформації про З’їзд ПНТЖ.

У серпні - вересні 2000 року розпочалася безпосередня підготовка до З'їзду. Засновницька група скликала Оргкомітет, до якого крім її членів увійшли: юристи Тетяна Юрченко (Європейський університет в Житомирі), Олена Костюкевич (фірма «Міріса»), Ганна Бучинська (випускниця Люблінського університету), музикознавець Ганна Руда (аспірантка Познаньского університету), біолог Ірина Першко, Юлія Вольська (викладач кафедри української мови ЖДПУ ім. Івана Франка), історики к.п.н. Світлана Коляденко (ЖДПУ ім. Івана Франка), Олександр Кондратюк (Дзержинська районна державна адміністрація), студентки ЖДПУ ім. Івана Франка Ірина Костюк та Юлія Костюшко.

З'їзд розпочався 23 вересня 2000 р. о 10 год. в приміщенні Європейського університету по вул. Якіра в Житомирі. О 8.00 год. ранку у Каплиці Божого Милосердя на Мальованці о. палотинів відбулася урочиста меса.

На З’їзді були присутні (крім членів Товариства): Генеральний консул РП в Києві доктор Казимир Хиц, Тетіана Легенчук з Оласного відділу освіти, представники польських організацій (Тадеуш Ренкас - Голова Об’єднання поляків Житомирщини «Полонія», Марія Сівко та Ірина Варивода з Федерації польських організацій в Україні), а також голови інших національно-культурних товариств (Олександр Гец – голова Товариства німецької культури, представник чеського Товариства Олександр Ясінецький, голова Товариства єврейської культури Михайло Гурвіц).

Привітальні листи надіслали професор Анджей Стелмаховський (голова товариства «Спільнота польська»), Вєслав Тужанський (голова правління Фонду «Допомога полякам на Сході»), Петро Полянський (керівник відділу у Міністерстві Освіти України), доктор Юрій Вовк (голова Клубу науковців Римо-католицького товариства «Полонія» в Києві). Телефоном передали вітання учасникам З'їзду Йосип Адамський (Фонд ім. T. Гонєвіча в Любліні), Емілія Хмельова (голова Федерації польських організацій в Україні), доц. д.і.н. Генрих Стронський (Голова Товариства польських вчених України). Гості у своїх виступах підкреслювали, що утворення Польського наукового товариства є ініціативою, гідною підтримки. Виникнення Товариства такого типу свідчить про зрілість польської меншини та її інтелектуальний потенціал. Діяльність Товариства служитиме відродженню польського життя в регіоні і водночас сприятиме зростанню інтелектуального потенціалу нашої країни.

У засіданні взяли участь: директор Регіонального інституту історико-філологічних досліджень к. філ. н. Володимир Єршов, президент Товариства дослідників Волині к.г.н. M. Костриця, доц. к.п.н. Наталія Місяць (зав. кафедри слов’янських мов ЖДУ ім. Івана Франка), доц. к.е.н. Йосип Цаль-Цалко (Житомирський державний технологічний університет), доц. к. псих. н. Олександр Музика (ЖДУ ім. Івана Франка), Владислав Липинський (Краєзнавчий музей у Житомирі) та ін. Перебіг і результати з'їзду були висвітлені в українських (житомирські газети «Місто», «Інтерес», міське радіо, телерадіокомпанія «Телескоп») і польських («Dziennik Kijowski», TV «Polonia») медіях.

До Товариства увійшло 55 членів, які утворили секції:

• мови, етнології і соціології (керівник – С. Рудницький, члени – С. Чернюк, А. Брезицький, І. Кандиба, Ю. Вольська, І. Сєрих);
• історії і теорії освіти (керівник – Н. Сейко, члени – С. Коляденко, О. Музика, І. Дяченко, І. Загурська, І. Костюк, А. Білоус);
• історії (керівник – О. Білобровець, члени – О. Іващенко, Ф. Ступак, М. Костриця, М. Лутай, О. Лаговський, В. Денисевич, В. Перкун, А. Козельський, А. Кондратюк, Н. Бутковська, А. Буравський, Р. Кондратюк, Г. Мокрицький, В. Липинський);
• музикознавства (керівник – І. Сипченко, члени – Л. Вахніна, Н. Травкіна, С. Руницька, А. Руда);
• методики викладання польської мови (керівник – Н. Місяць, члени – М. Старовєрова, О. Гілевіч, А. Осмоловська, А. Петрушевська);
• природничо-математична (керівник – О. Герус, члени – А. Стадніченко, В. Листван, І. Першко);
• економії і права (керівник – вакансія, члени - В. Бжезінський, А. Бучинська, Т. Юрченко).