ІІ З’їзд Польського наукового товариства у Житомирі було заплановано на 28 березня 2004 року. На З’їзд прибуло 15 членів Товариства і у звязку з відсутністю кворуму він не відбувся. Згідно до Статуту З’їзд другого скликання відбувається незалежно від кількості присутніх членів ПНТЖ. 24 квітня 2004 р. на З’їзді були присутні 13 осіб.

Головуючим на З’їзді була обрана Наталія Сейко, секретарем – Ірина Першко. За поданням керівників секцій та Правління з числа членів Товариства було виключено 17 осіб - Олексій Бжезицький, Ірина Дяченко, Юлія Вольська, Інна Загурська, Анна Осмоловська, Ірина Костюк, Юлія Костюшко, Алла Білоус, Ірина Кандиба-Чудовська, Ігор Сєрих, Лариса Вахніна, Юзеф Цал-Цалко, Анна Бучинська, Тетяна Юрченко, Володимир Єршов, Ванда Чайковська, Оксана Остапчук. Ці особи втратили звязок з Товариством, не брали участі у реалізації його проектів та не подавали річних звітів.

За три роки діяльності свої кандидатури на членство у Товаристві подало 17 осіб. Правління рекомендувало на включення у список членів 7 осіб. За результатами таємного голосування ІІ З’їзд до членів Товариства прийняв доц. Ірину Копоть, Миколу Троценка, доц. Інну Плотницьку, доц. Івана Ярмошика, Євгена Тіміряєва, проф. Яна Парадиша, Анджея Байора. На сьогодні ПНТЖ нараховує 44 члени, з них 5 закордонних. Прийнято рішення про видання посвідчень всім членам Товариства.

На другий термін Головою ПНТЖ було обрано доктора гуманістики Польщі Сергія Рудницького. З’їзд затвердив новий склад Правління, до якого увійшли доц. Ірина Сипченко, доц. Наталія Сейко, доц. Олег Герус, Ольга Білобровець, Сергій Рудницький, доц. Олександр Музика та Ірина Першко. Переобрано і Ревізійну комісію, членами якої стали Олександр Буравський, Наталія Травкіна і доц. Станіслав Пультер.

На З’їзді було внесено ряд змін та доповнень до Статуту Товариства. Перший блок змін був пов’язаний з необхідністю перереєстрації Товариства як неприбуткової організації. Статут, прийнятий на установчому З’їзді містив пункти, які не дозволяли включити ПНТЖ у реєстр неприбуткових організацій, що робило неможливим отримання будь-якої спонсорської допомоги. Ряд змін був пов’язаний зі змінами у діяльності товариства. Було ліквідовано наукові секції (до цього часу вони були структурними одиницями Товариства). Це стало важливим кроком у переході до проектного Товариства. Було ліквідовано посаду Секретаря Товариства, натомість введено посади першого та другого заступника Голови, які обираються з поміж членів Правлінням та разом з Головою ПНТЖ складають “мале Правління” Товариства.